人工(gōng)智能助力医疗,精(jīng)准(zhǔn)找出治(zhì)病物质
在制(zhì)药过程中,药物被淘汰(tài)的原因众多(duō),其中之一就在于其对细(xì)胞色素P450的消极抑制(zhì)作用。细胞色素P450是一组主要在肝脏中产生的酶,通常(cháng)被称(chēng)为CYP450,参与分解化学物质,防止它们在血液中积累到(dào)危险的水(shuǐ)平。然而,事实证明,许(xǔ)多实(shí)验药物都能抑制CYP450的产生,这种的副作用会使药物对人体产生毒性。
制药公司一(yī)直依(yī)赖于传统医学工具来预测药物(wù)是否(fǒu)会抑(yì)制患(huàn)者体(tǐ)内的CYP450,比如在试管中进行化学分析(xī),观(guān)察CYP450与具(jù)有(yǒu)化学相似性的药物之间的相(xiàng)互作用,以(yǐ)及在小白鼠(shǔ)身上进行(háng)实验。但是这(zhè)样(yàng)的预测(cè)可能并不准确。在某些情况下,CYP450相关(guān)毒性只有在人体试验中才会被发现(xiàn),导致(zhì)付诸的金钱多年(nián)的努力(lì)白费(fèi)。就在这(zhè)个(gè)关键(jiàn)时刻(kè),AI制药重(chóng)新(xīn)进(jìn)入了大(dà)众视野。
弥补传统制(zhì)药弊(bì)端,AI制药效率大幅提高
制药的低(dī)效率引出了一个更严肃的问题:至少20年来(lái),价值(zhí)1万(wàn)亿美元的全(quán)球制药行业一直处于(yú)药物开发低(dī)迷、生产率下滑的状态。制(zhì)药公司的金(jīn)钱投入越来越(yuè)多(duō)——10家(jiā)最大的制(zhì)药公司(sī)现在每年花费近800亿美元(yuán)——研发出的有效药物(wù)却越来越少(shǎo)。十年前(qián),若投入一美元来研发药物,就能收到10美分的回(huí)报;如今,收(shōu)益率却不(bú)足(zú)2美分。某(mǒu)种程(chéng)度上(shàng),这是因为(wéi)用于治疗常见疾病的药(yào)物都已经找到了,只(zhī)剩下开发(fā)用于解决(jué)复杂(zá)疾病的药物,这些药物只能治(zhì)疗一小部(bù)分人的疾病,因此能够(gòu)获(huò)得的收益也(yě)要少得多。
根据塔夫茨药物开发研究中心的数据,近年来,药物上(shàng)市的平(píng)均成(chéng)本几乎(hū)翻(fān)了一番,达到26亿美元之(zhī)多。药物(wù)从(cóng)在实验室中诞生(shēng)到流(liú)入市场的时间(jiān)线(xiàn)被延长到了12年,而有(yǒu)90%的药(yào)物在人体试验(yàn)的阶(jiē)段就(jiù)被淘汰。
因此,研究人员对AI在药物研发方面的高涨热(rè)情也就(jiù)不(bú)足(zú)为(wéi)奇(qí)了。用户只需要给AI工(gōng)具提(tí)供样本(běn)(某种分(fèn)子(zǐ)结(jié)构)和相应的解(jiě)决(jué)方案(分子最终如何(hé)被制成(chéng)药(yào)物),它们就可以(yǐ)开发自己的计算方法来快速(sù)产生相似的(de)制药方案。
AI(右)能更准(zhǔn)确地(dì)找到致病肿瘤
大多(duō)数机器(qì)学习(xí)程(chéng)序可以处(chù)理小数据(jù)集,而深度学(xué)习程序可(kě)以处理大量原始的、非结构化的数据。一个深度学习的版本(běn)可以从未标记的细(xì)胞图像中进行分(fèn)子结构辨识,不过,它可能需要查(chá)看上(shàng)百万个(gè)细胞样本才能做(zuò)到这一点。
最(zuì)终(zhōng),AI将在以下几个方面(miàn)改善药物开发(fā):1.识(shí)别更有效的候选药(yào)物;2.提高药物测(cè)试的“命中率”,即通(tōng)过临(lín)床试验并获得监管批(pī)准(zhǔn)的候选人的百分比;3.加速整个制药过(guò)程。
百时美施(shī)贵宝(bǎo)(Bristol-Myers Squibb)最近部署了一(yī)个(gè)机(jī)器学习程序,该(gāi)程序经过(guò)训练(liàn),已能够在大量细胞(bāo)样本中发(fā)现与CYP450抑制效用(yòng)相关的分子结构(gòu)。Saha说,该程(chéng)序(xù)将测试准确率提高(gāo)到95%,与(yǔ)传统(tǒng)方法(fǎ)相比,失败率(lǜ)降低近(jìn)6倍。这些结果帮助研究(jiū)人员(yuán)迅速筛选出可能有毒的药物,转而关注那(nà)些有更大(dà)希望通过多项(xiàng)人体试验、获得(dé)美国食品和(hé)药(yào)物管理局批准的候(hòu)选药物(wù)。礼来(lái)(Eli Lilly)首席数据和分析(xī)官维平(píng)•戈(gē)帕(pà)尔(Vipin Gopal)表示:“在(zài)我们进行投资之(zhī)前(qián),AI就能(néng)帮助我们在早期排除掉那些潜(qián)在的无(wú)效(xiào)用药物。”
人工智能软件可以预测哪些化合物(wù)可(kě)能(néng)与目标蛋白结合,以帮(bāng)助缩小候选药(yào)物的范围
生物医学研究人员认(rèn)识到,像癌(ái)症和阿(ā)尔茨海默病等这般复杂的疾病所涉及的涉及蛋白质达数百种,如果研发的(de)药物(wù)只(zhī)攻击其中(zhōng)一种蛋白(bái)质,则(zé)不太可(kě)能对整个病毒本身造成(chéng)破坏。Kurji解释说,Cyclica正试图(tú)寻找能与几十种目(mù)标蛋白相互(hù)作用的单个化合物,同时避(bì)免与其他蛋白相(xiàng)互作用。他(tā)补(bǔ)充说,目前正在开发的AI 程序旨在将(jiāng)大量关于(yú)蛋白质变异的遗传(chuán)数据(jù)整合在一起,这样(yàng)AI助手就可以检测出哪些候选药物(wù)最有效。
苏格兰邓迪(dí)大学医学信息学教授安德鲁•霍普金斯(sī)(Andrew Hopkins)提出了ex唯科学算法(fǎ),这个算法只(zhī)需分析10个蛋白质数(shù)据就能得到有效信息(xī)。它将目标蛋白的生物数据与大约10亿个蛋白质相互作用的数据库进行比较。生成的新数(shù)据被输入到程序中,程序再次对列(liè)表进行(háng)精简,并分析另一轮(lún)所需的数据。这个过程重复进行,直到程序准备好生成一个易(yì)于管理的化(huà)合(hé)物列表,而这些化合物正是目标(biāo)药物(wù)的良好候选。
霍普金斯声称,ex唯科学的算法(fǎ)可以将药物的发现时间从4.5年缩短到1年(nián),将发现(xiàn)成本降低80%,合成化合(hé)物的数量(liàng)也会减少到通(tōng)常(cháng)生产一(yī)种成功(gōng)药物所(suǒ)需的五分(fèn)之一。目前,他正与生物科技巨头Celgene合(hé)作,努力为三个目标寻找新的潜在药(yào)物。
精确定(dìng)位(wèi)目标蛋白!
为了发现可能致病的蛋白质,生物制药公司Berg也利(lì)用AI助手来筛选人体组织样本的生物(wù)信息。Berg软(ruǎn)件的方法是把从病人的组织样本、器官液体和血样中提取的每一份数据都输(shū)入(rù)程序。样品(pǐn)中(zhōng)的活细胞被用于各(gè)种实(shí)验,如测试(shì)其高葡(pú)萄糖(táng)水平(píng)。这(zhè)种方(fāng)法生成多种数据,涵盖细胞产(chǎn)生能量的能力和细胞膜的硬度。
然后,所有的数据都(dōu)通过一(yī)系列深度学习程序运(yùn)行,这(zhè)些程序(xù)寻找非疾病(bìng)状态(tài)和疾病状态之间的特(tè)征差异(yì),最(zuì)终着眼于那些含毒性(xìng)的蛋白质。在某些情(qíng)况(kuàng)下,这些蛋白(bái)质可能成为靶标,这时(shí)Berg的(de)AI软件(jiàn)就可以寻找药物来攻击这些靶标(biāo)。更(gèng)重要的(de)是,因(yīn)为(wéi)该软件可以识别(bié)目标(biāo)似乎只在一小部分患者身上引起疾病,所(suǒ)以它(tā)可以识别这(zhè)些(xiē)患者的区别(bié)性特征(zhēng)。这(zhè)意味着患(huàn)者可(kě)以在服用药物之前进(jìn)行测试,以确定药物是否可能对他(tā)们有效。
目前,Berg正在(zài)与制药巨头阿(ā)斯(sī)利康(AstraZeneca)合作,寻找治疗帕金森氏(shì)症和其(qí)他神经系(xì)统疾(jí)病的目标(biāo),并与赛诺菲巴斯德(Sanofi Pasteur)合作,以改良流感疫苗。Berg软件已经确定(dìng)了诊断(duàn)测试的(de)机制,可以区分前(qián)列腺癌(ái)和良性前列腺肥大(dà)症,而这些病症如(rú)果不做手术则很难区分。